Die Klopfermühle wurde 1438 erstmals urkundlich erwähnt als "gut gelegin... in
dem dorffe zcu Lengefelt, gnant in der Hoyersmule, da itzund einer uff sitzit,gnant
Nickel Hoyer". Die Mühle und das dazugehörige Gut blieben bis 1595 im Besitz der Familie Hoyer, wodurch sich der Name Hoyersmühle auch für die nachfolgenden Zeiten fest einprägte. Über Jahrhunderte stellte die Hoyersmühle einen beachtlichen Wirtschaftsfaktor dar, was sich auch darin ausdrückte, daß sie lange Zeit der größte Steuerzahler in Lengenfeld war.

Ende des 18. Jahrhunderts wurde die Bindung der Mühle an adlige Grundherren aufgehoben, so daß die Müller nun nicht mehr nur Pächter, sondern Eigentümer der Mühle waren. Nach 1818 wurden im Zuge der Industrialisierung von Lengenfelder Textilfabrikanten in einem aufgesetzten Stockwerk Spinnmaschinen aufgestellt und mit Wasserkraft betrieben.

Der sehr unternehmerische Besitzer Christian Wilhelm Lautenschläger ließ 1853
neue Gebäude errichten, die noch heute die äußere Gestalt der Mühle bestimmen. Sein Plan einer Dampfmühle wurde nicht ausgeführt. 1863 übernahm Christian Gotthilf Klopfer aus Werdau die ehemalige Hoyersmühle, die sich nun seit über 150 Jahren im Besitz der Familie Klopfer befindet. 1968 wurden die baufälligen Wasserräder aus- und eine Wasserturbine eingebaut.

Heute ist die Klopfermühle der einzige Mühlenbetrieb mit Wasserantrieb an der Göltzsch.